此后崇祯帝以议饷为由，再次召见袁崇焕、祖大寿、满桂等人。
    崇祯帝当着众人的面，质问袁崇焕之前擅杀毛文龙，而如今却不能抵御建奴。
    袁崇焕对此惴惴不安，许久后才回答道，“是诚臣罪，是皆臣做出来的罪，臣甘领受。”
    见袁崇焕认罪，崇祯帝遂命锦衣卫的张懋忠等人将他拿下，押送大牢，等候处分。
    在场的诸位大臣，虽然有劝谏崇祯帝不可临阵换帅的，但崇祯帝不为所动。
    但崇祯帝为了安抚满桂、祖大寿等人，并没有难为他们，而是令其还营，并以满桂接替袁崇焕统领诸军。
    当袁崇焕被捕的消息传开后，关宁将士闻讯大哭。
    因为在这些士兵的眼中，袁崇焕从不拖欠他们的军饷胜利，是个好官，至于上层的权力斗争，普通士兵并不在意。
    此后京城中，陆续发生了京城守军猜忌、杀害关宁军的事情。
    因此关宁军的普通将士更加对崇祯帝不满，都说，“以督师之忠尚不能自免，我辈在此何为？”
    最后，祖大寿、何可纲率关宁军一万五千人私自跑回了辽东。
    崇祯帝得知后大惊，召见大臣等商议对策，司礼太监王永祚向崇祯帝建议，此时只有袁崇焕的手书才能平息事态。
    于是崇祯帝让锦衣卫指挥使刘侨到大牢中，要求袁崇焕给祖大寿写信。
    袁崇焕起初并不肯，甚至说道，“我一死耳，何又作死？”
    但刘侨说这是崇祯帝的旨意，也许袁崇焕写了后，崇祯帝就会放他一条生路。
    袁崇焕信以为真，边哭边叩头，答应了崇祯帝的要求。
    崇祯帝在得到袁崇焕所写的“勤王赎罪”的信后，派快马追上了私自东归的祖大寿所部。
    祖大寿在看到袁崇焕的亲笔信后，再加上多方劝说，最终听旨，带着士兵又回到了京城，继续保卫北京。
    经过这件事之后，崇祯帝对袁崇焕的态度算是有所好转，将他从锦衣卫的大牢移到了刑部的大牢。
    还派人给他治病、送他锦被。
    虽然崇祯帝对袁崇焕的态度有所好转，但仍旧是拒绝听从释放袁崇焕的建议。
    不仅如此，崇祯帝还下令，将替袁崇焕喊冤最卖力的一个叫程本的门生处死。
    在袁崇焕下狱后，原本准备撤军的皇太极再次卷土重来。
    并又在永定门外大败明军，取代袁崇焕的大将满桂阵亡。
    危急时刻，幸亏祖大寿带着私自东归的关宁铁骑回师西援。
    收复了遵化、永平、滦州、迁安四城，将后金军全部赶出长城外，取得“遵永大捷”。
    此时的袁崇焕仍在狱中，但当遵永大捷的消息传开后。
    崇祯帝对袁崇焕的态度有所松动，还曾叹道，“守辽非蛮子（袁崇焕是广东人，在当时属于蛮夷之地）不可”。
    虽然崇祯帝对袁崇焕的态度有所松动，但当时的内阁首辅温体仁因为党争的原因，曾多次与袁崇焕结仇。
    因此十分厌恶袁崇焕，非要置袁崇焕于死地。
    温体仁一系的官员，不断的上书请求崇祯帝诛杀袁崇焕，还让袁崇焕的部将谢尚政，提供袁崇焕通敌的罪证。
    最终，崇祯帝命刑部核实言官弹劾袁崇焕，“擅杀逞私、谋款致敌、欺藐君父、失误封疆”这些罪行。
    袁崇焕在受审的过程中，承认自己在“斩帅”（杀毛文龙）问题上是属于越权。
    但自己曾事先与时任内阁次辅钱龙锡，及已故的时任兵部尚书王洽，商议过此事。
    至于说自己私通建奴，袁崇焕拒不承认。
    但刑部、都察院、大理寺等三法司，仍旧以谋叛罪判处袁崇焕斩首。
    被崇祯帝驳回后，又以谋反大逆罪，判处袁崇焕凌迟。
    此次又被崇祯帝驳回，但三司再次维持了袁崇焕凌迟的判决，这一次崇祯帝并没有驳回。
    就这样，袁崇焕被判处凌迟处死。
    由于朝廷将此次建奴入侵北京的责任，推到了袁崇焕的身上。
    使得京师的百姓只知袁崇焕通敌，而不知道袁崇焕率领关宁铁骑救援京师，击败建奴解除了北京城的危机。
    袁崇焕之凌迟酷刑之下，惨叫了整整数个时辰后才死去。
    而在大明朝廷的宣传之下，北京城内的百姓不仅没有人同情袁崇焕。
    那些有亲人死于此次建奴入侵战争的百姓们，争相购买袁崇焕被割下的肉吃。
    人们不仅吃他的肉，而且在吃之前还要再骂他一遍。
    此外，袁崇焕在宁远的妾室、两名幼女以及族侄袁兆晰以及十五名家仆，都被大明朝廷抓起来流放，但于流放途中不知所踪。
    袁崇焕在广东老家的近亲们，除了他的母亲，因年老被免于流放，他的妻子投水殉夫而死之外。
    袁家所有的族人，也都被判流放，但于在宁远的几人一样，袁崇焕的族人们，也于流放途中不知所踪。
    有人说，袁崇焕的族人都被他的老部下救走了，也有人说，袁崇焕的族